动物界一些物种具有社会性结构和行为，最为熟知的如蚂蚁、蜜蜂等一些社会性昆虫，当然，还有人类，及其他一些哺乳动物。

在社会性动物中，比如蚂蚁或蜜蜂，有些雌性个体终身扮演“工人”（利他行为）的角色，采集食物以及哺育“蚁后”或“蜂后”的后代（也就是这些个体的同辈），而她们自己却并不生育。按照自然选择理论，不能生育或低生育能力往往被看作适应度差。然而，自然界却实实在在的存在蚂蚁和蜜蜂这样的例子。那么社会性是如何进化来的呢？William Hamilton在1964年发表了划时代的论文【参考1】，提出了“亲缘选择学说 (kin selection)”。其基本思想是：对于动物群体（家族）来说，个体之间存在亲缘关系，并共享部分基因（比如，亲代和子代之间以及子女之间享有50%的基因，以此类推），所以如果具有利他行为的个体的“损失”能够被其他亲缘个体存活及繁衍的“收益”弥补，社会性就可以进化并稳定存在。Richard Dawkins在1976年发表了《The Selfish Gene 自私的基因》一书，其中也有相应的论述。

大家常常感觉：人的一生中，有那么多的不确定，谁也说不清下一步会发生什么。或者说，谁也不能保证生活会像你预设的那样前进。但，大家又都锲而不舍的努力着，想去决定自己的人生。看来，人生就是“不确定”和“确定”的结合，就像一条马尔可夫链。

学过些数学的人应该都知道马尔可夫链（Markov chain）。马尔可夫链用于描述随机过程，如果某个过程有多个变化步骤的话，简单说有两点：1）该过程每步变化都是随机的；2）下一步的状态只是由当前状态决定。马尔可夫链在物理学、化学、生物学及社会科学都有广泛的应用。比如在系统生物学中，马尔可夫链用来描述DNA碱基的突变历史，由此推测生物进化的历史。

想想现在的我们，或者以前某一个时期的我们，谁能说你的生活就是你预计的那样。人生中每一步变化及每件事情都是多种因素决定的。比如基金申请，首先自己要写项目本子，之后找同事帮忙提提建议修改，之后函评，再之后会评，是这些步骤共同决定了基金申请的结果，确实挺难预计，这其中有很多随机性。另一方面看，基金的“中或不中”这种状态，却可能某种程度上决定一个研究人员以后的轨迹，如果这个项目中了，可以做一番工作，发现新的问题并继续在某个领域深入做下去，这是一种科研人生轨迹；但如果这个项目多次没中，则申请者可能更换题目和领域去申请，或者有的放弃申请，这是另一种轨迹。另比如发表论文，也是由我们论文的质量、编辑部的意见、审者的意见、返修的质量等共同决定的；再比如当年上大学，可能多方面的意见决定了你选择哪个志愿和专业（而不是你自己最向往的那个专业），而这个选择则很大程度上决定了你以后的人生轨迹。

进化树和圣经，一个是科学的概念，一个是宗教的圣书。今天把两者放在一起说，大家先不要以为又是关于“进化论和神创论的争论”这等老话题。我这想说的是两者的联系，并且，进化树被用于研究圣经了。

先说说进化树。分支系统学（Cladistics），又叫系统发生系统学（Phylogenetic systematics），是进化生物学中一个重要的领域，主要关注生物物种的进化关系（构建进化树），以及推测进化历史所需的理论和方法。分支系统学的概念主要由德国著名的昆虫学家和进化生物学家Willi Hennig在其1950s和1960s的研究工作中提出。实际上，达尔文在《物种起源》中就给出了一张他所理解的“生命之树（Tree of Life）”的草图，Hennig算是把Darwin等先辈的想法具体化了。经过几十年的发展，以及DNA测序技术的发展，分支系统学有了很大的发展。构建进化树，已经广泛应用于生物学的众多领域，用于推测物种、生物学性状、基因等的演化历史。

"I cannot doubt that during millions of generations individuals of a species will be occasionally born with some slight variation, profitable to some part of their economy. Such individuals will have a better chance of surviving, and of propagating their new and slightly different structure; and the modification may be slowly increased by the accumulative action of natural selection to any profitable extent.” -----Darwin

总能想起，

清晨

你睁开眼

满是笑颜。

这，

总让我们眼眶湿润，

因为感动和幸福。

你的世界

简单而快乐，

只有黑与白，

没有说不清的色彩。

陪伴着你，

远离了混沌的现实，

体会简单和充实。

不管什么时候，

要记住，

简单，诚实，快乐，

我们一起。

实验动物，是指为了研究某些生物学问题而在人工控制条件下（如实验室内）饲养的动物，如人尽皆知的大小白鼠。现今生命科学的任何领域都或多或少用到了实验生物，尤其是与人类相关的生物医学研究领域。人类有了所谓的伦理，觉得不能拿自己做实验，于是有关人类疾病的机理、药物研发和临床试验、器官移植等，全都用到了实验动物。

实际上，对于实验动物的应用，外行经常会问一个“直觉性”的问题：实验动物的生存环境跟它们的自然生存环境肯定不一样，那用它们做实验得到的结果可靠吗？比如像我这样，做的研究属于生命科学领域但却跟生物医学不搭边的人。相反，从事生物医学研究的人可能很少关注这样的问题，因为他们用实验动物做研究已经成了习惯。

最近，有生物医学的行内人开始认真的关心这样的问题了。美国NIH的Bronwen Martin等人2010年4月在PNAS发表了重要的观点性文章，他们指出应用啮齿类实验动物开展生物医学研究可能带来一些问题。实验室常规饲养的实验动物（啮齿类）常具有一些由肥胖导致的非正常的或不健康的特征，比如葡萄糖耐受异常、早衰等。这些特征有些类似于现代人类的代谢综合征。虽然这样的实验动物对于研究肥胖问题很有帮助，但如果研究人员没有意识到实验室的饲养方式会使实验动物的某些代谢过程发生改变，并把它们当作“正常的”动物来进行研究，可能会导致对很多生物学问题的误读。可以想象，如果基于“不健康”的实验动物错误的解读了某种疾病的机理，并开发出了某种药物，应该是挺可怕的。因此，这些研究者提议生物医学研究应该充分重视饲养方式和实验动物的状况，在很多研究中应用“更健康”的动物，并通过比较“不健康”和“更健康”的实验动物来更好的理解代谢过程和疾病机理。

2010年2月23日，由国际蚜虫基因组联盟（IAGC，International Aphid Genomics Consortium）完成的豌豆蚜（pea aphid，Acyrthosiphon pisum）全基因组测序工作在《PloS生物学》作为封面文章发表。同一天，《Insect Molecular Biology（昆虫分子生物学）》发表了一期专辑，包含了20多篇对豌豆蚜基因组更深入解读的工作。这是第一个被报道的半变态昆虫基因组测序工作，对于昆虫基因组学和进化研究有重要意义。下面我试着从该项目的背景开始，论述一下该工作的重要发现。

这是我们今年初发表的一篇有关生物地理学的综述，在没有正式印刷出来之前我贴了一些内容在博客里。年前就有科学网的朋友问我是否有电子版分享，那时候还没印刷出来；最近又有朋友问，

“目前电子版还没上线……
如果没有版权问题的话，博主能不能在这里放个全文链接，让我们先睹为快？”

很高兴现在正式的电子版已经出来了，贴到这儿与大家共享，感谢大家有兴趣。

关于达尔文的《物种起源》（On the Origin of Species）的出版时间，大多资料都说是1859年11月24日，我之前的一篇博文也这样写的。

最近看资料，发现有的研究者认为第一版的"The Origin was published on 22 November 1859"，并且这些学者来自于达尔文曾经当过副会长（1838年）的英国皇家昆虫学会（Royal Entomological Society, RES）。

我于是进一步去查了资料，darwin-online上记载了下面一段话：“It was offered to the trade at Murray's autumn sale a week later, on 22nd; most sources say that 1,500 were taken up, others 1,493. Only 1,250 had however been printed of which 1,192 were available for sale, the rest being twelve for the author, forty-one for review and five for Stationers' Hall copyright. As Darwin took at least another twenty for presentation, the final number available for the trade was about 1,170. These facts are at variance with the often-printed statement that all the 1,250 copies were sold to the public on publication day, Thursday 24th; indeed once copies had reached the bookshops, up and down the country, how could anyone know whether they were sold or not.”

看到杨玲“不是压力，是无力”一文，她说无力且读不出方向，可能很多人也有这种感受。因为这几天要写篇论文，我上午一直看文献，刚好读到跟杨玲所说的情况有关的一段话，这段话谈及我所在研究领域中一位研究者当年的境况：

An independent and cautious scientific attitude is almost thought to be a kind of madness: the free spirit is brought into disrepute, particularly by scholars who miss their own thoroughness and antlike industry in his talent for observation, and would gladly confine him to a single corner of science……